Разница в качестве проверки, в удобстве и в дополнительных функциях. Большинство чекеров проверяют только орфографию, а ОРФО — также грамматику и стилистику (причем значительно лучше, чем «родной» чекер Microsoft Office). ОРФО знает намного больше слов, чем «обычные» модули проверки правописания — а значит, будет меньше лишних подчеркиваний или сообщений об ошибках. В частности, словарь ОРФО пополнен новой лексикой, научной терминологией, географическими названиями и фамилиями.
Если ошибка действительно есть, ОРФО подскажет исправление — причем на первом месте, скорее всего, будет стоять именно то слово, которое вы имели в виду. Если ошибки нет, ОРФО позволяет добавить слово в ваш словарь пользователя вместе с парадигмой его склонения или спряжения. После этого ОРФО будет узнавать все формы этого слова при проверке в любом приложении, с которым работает.
Наконец, ОРФО — это не только проверка правописания, но и множество дополнительных модулей: справочник по русскому языку, толковый и другие словари, поиск и замена во всех словоформах, расстановка переносов во всём тексте, тезаурус (словарь синонимов и антонимов) и др.